喷门松咳嗽如何治疗？

病情描述：男，53岁。在苏州吴江第一人民医院检查，做过肺部拍片和ct，肺部有一小泡，B超肝上有有囊肿，3个月后复查CT和B超，均无变大。做过胃镜，说喷门有点松弛，咳嗽可能是这个原因引起的。吃一段时间西药后无明显好转。后去中医院看，吃中药，一疗程吃完（半月），有好转，但仍有咳嗽。又吃一疗程。但医生说要吃断根，要吃3年中药。现在不知该怎么办了。如果真要吃3年，对人体会不会有副作用。还有如果吃3年后，仍咳嗽或转变了。怕延误治疗。