生殖疱疹早期症状通常在感染后2～14天出现，主要表现为生殖器或肛周部位的簇集性小水疱，伴疼痛、瘙痒或灼热感，部分患者可能有发热、头痛等全身症状，水疱破溃后形成浅表溃疡，约1～2周自行愈合，但易反复发作。
- 原发性感染症状：多见于首次发作，症状较明显，水疱数量较多，分布密集，常伴局部淋巴结肿大、疼痛，病程较长，愈合后易潜伏病毒，成为复发诱因。
- 复发性感染症状：间隔短暂，症状较轻，水疱数量少、范围局限，疼痛和全身症状不明显，通常在同一部位反复发作，与免疫力波动、劳累、感染等因素相关。
- 无症状感染症状：部分感染者无明显症状，或仅表现为轻微不适，易被忽视，但仍具有传染性，是疾病传播的重要来源，尤其在生殖器疱疹中较为常见。
- 特殊人群症状差异：免疫功能低下者（如HIV感染者、长期使用免疫抑制剂者）症状更严重、持续时间更长，新生儿感染（母亲孕期感染）可累及全身，出现发热、呼吸困难等严重表现，需紧急就医。
- 女性特殊症状：女性患者可能累及宫颈、阴道，出现分泌物增多、性交后出血，部分患者因症状隐匿延误诊治，增加盆腔炎、不孕风险，建议定期妇科检查。