婴儿鹅口疮通常通过抗真菌药物（如制霉菌素）治疗，疗程一般为7-14天，多数可在规范治疗后2周内治愈。
- 非母乳喂养婴儿：若为配方奶喂养，需每日煮沸消毒奶瓶、奶嘴等器具，避免重复感染；母亲应检查自身是否有念珠菌感染，必要时同时治疗。
- 母乳喂养婴儿：哺乳前母亲需清洁乳头，可用温水擦拭；哺乳后可挤出少量母乳涂抹婴儿口腔，促进黏膜修复。
- 早产儿或免疫力低下婴儿：此类婴儿需在医生指导下使用抗真菌药物，同时需密切观察口腔病变变化，防止感染扩散。
- 长期使用抗生素婴儿：需在医生评估下考虑是否调整抗生素方案，避免菌群失调加重感染，必要时短期使用益生菌辅助治疗。
治疗期间，若婴儿口腔病变持续不愈或出现拒食、发热等症状，应及时就医。