小儿消化不良常用药物包括益生菌、胃黏膜保护剂、促胃肠动力药等，需根据年龄、症状类型及病因选择。
- 功能性消化不良：可选用双歧杆菌三联活菌等益生菌调节肠道菌群，或复方胃蛋白酶散等助消化制剂，2岁以下婴幼儿优先非药物干预，如调整饮食结构、规律进食。
- 感染性消化不良：若为细菌感染需遵医嘱使用抗生素，病毒感染以对症支持为主，可短期使用蒙脱石散保护胃肠黏膜，避免自行使用广谱抗生素。
- 器质性消化不良：如因胃炎、溃疡等疾病引起，需针对性治疗原发病，可在医生指导下使用抑酸药（如奥美拉唑），但需严格控制用药疗程和剂量。
- 特殊人群用药：婴幼儿（尤其是6个月以下）应避免使用复方制剂，肝肾功能不全患儿需谨慎选择促动力药，用药前需咨询儿科医生，优先通过饮食调整、腹部按摩等非药物方式改善症状。