慢性肾盂肾炎最严重的并发症是肾功能衰竭，若未及时控制，可在数年内进展至终末期肾病。
- 肾功能衰竭：长期炎症导致肾小管间质纤维化，肾小球滤过率逐年下降，最终需透析或肾移植。糖尿病患者风险更高，因高血糖加速肾损伤。
- 脓毒症：细菌入血引发全身炎症反应，表现为高热、休克、多器官衰竭。老年患者及免疫力低下者（如长期使用激素）更易发生。
- 高血压：肾缺血激活肾素-血管紧张素系统，约30%患者进展为难以控制的高血压，增加心脑血管事件风险。
- 慢性盆腔疼痛综合征：炎症蔓延至盆腔组织，女性患者常见性交痛、排尿不适，影响生活质量。
预防建议：定期监测肾功能（尤其是尿蛋白、血肌酐），控制感染需足疗程抗生素，糖尿病患者严格控糖，避免滥用肾毒性药物。