磁共振可检查头部多种情况，包括脑血管、脑实质病变及先天发育异常等。
- 脑血管与血管性病变：可清晰显示脑血管结构，排查脑梗死、脑出血、脑动脉瘤及血管畸形等，尤其对超急性期脑梗死（发病数小时内）诊断价值高，能避免CT对小出血灶的漏诊。
- 脑实质病变：用于评估脑肿瘤（如胶质瘤、脑转移瘤）、炎症（如脑炎、脑脓肿）、脱髓鞘疾病（如多发性硬化）、变性疾病（如阿尔茨海默病早期）及脑白质病变等，可提供病变位置、大小及与周围组织关系。
- 先天或发育异常：可发现先天性脑发育畸形（如脑空洞症、胼胝体发育不良）、脑萎缩（如老年变性）及儿童脑发育迟缓等，对婴幼儿脑损伤（如缺氧缺血性脑病后遗症）也有诊断意义。
- 特殊人群与注意事项：婴幼儿检查需镇静，避免因躁动影响图像质量；体内有金属植入物（如心脏起搏器）者需提前告知医生，确保无禁忌；检查前需去除金属物品，保持放松，避免因紧张导致心率异常影响成像。