衣原体感染治疗以抗生素为主，常用药物包括四环素类、大环内酯类和氟喹诺酮类，需根据感染部位及患者具体情况选择。
- 生殖道衣原体感染：推荐阿奇霉素或多西环素，阿奇霉素单次口服，多西环素连续服用7天。性伴侣需同时治疗，治疗期间避免性生活。
- 沙眼衣原体眼部感染：外用红霉素眼膏或利福平滴眼液，需坚持用药2周以上，注意眼部卫生，避免揉眼。
- 肺炎衣原体感染：轻症可选用阿奇霉素或克拉霉素，重症需静脉注射抗生素，治疗周期通常1-2周。
- 特殊人群注意事项：孕妇禁用四环素类和氟喹诺酮类，首选阿莫西林或阿奇霉素，用药前需咨询医生；哺乳期女性建议暂停哺乳至停药后48小时；儿童（<8岁）慎用氟喹诺酮类，可用阿奇霉素干混悬剂。
- 治疗后复查：停药后1-3个月需复查衣原体核酸，连续两次阴性为治愈，期间避免再次感染。