肛门直肠脓肿的治疗以手术为主，包括切开引流、根治术等，需尽早干预以避免感染扩散。
- 单纯性脓肿：首选切开引流，需在脓肿波动感最明显处切开，放置引流条，术后需规范换药。糖尿病患者需控制血糖，避免感染迁延。
- 复杂性脓肿：需行根治性手术，如肛周脓肿根治术，术中需准确找到内口，避免肛瘘形成。老年患者术后需加强营养支持，预防切口愈合不良。
- 儿童脓肿：优先非手术保守治疗，如温水坐浴、局部热敷，避免过早手术影响肛门功能。婴幼儿需家长密切观察，避免自行挤压。
- 术后护理：保持局部清洁干燥，排便后温水清洗，避免久坐久站。长期卧床患者需勤翻身，防止压疮和感染加重。
- 药物辅助：可短期使用抗生素控制感染，儿童需严格遵医嘱选择安全药物，避免影响生长发育。