基底核是大脑深部灰质核团集合，主要包括尾状核、豆状核（含壳核与苍白球）、屏状核和杏仁核，在运动控制、情绪调节及认知功能中发挥核心作用。
- 尾状核：呈C形，位于侧脑室前角外侧，分头部、体部和尾部，头部与豆状核相邻，参与运动启动及奖赏机制调控。儿童期随脑发育逐渐成熟，老年人神经退行性病变时可能出现萎缩，与帕金森病、亨廷顿舞蹈症等运动障碍相关。
- 豆状核：位于内囊外侧，被内囊分为壳核和苍白球，壳核参与运动协调，苍白球通过纹状体-苍白球通路调节运动。男性基底核体积平均略大于女性，壳核缺血性损伤可引发肢体震颤、僵硬。
- 屏状核：为薄片状灰质，位于豆状核与岛叶之间，结构分内外两层，功能尚未完全明确，研究提示参与意识整合及癫痫发作调控。儿童期随髓鞘化进程发育，老年期可能因脑萎缩出现体积缩小。
- 杏仁核：位于侧脑室下角前端，分皮质内侧核群与基底外侧核群，参与恐惧记忆形成、情绪识别及社会行为调控。女性对情绪刺激反应更敏感，儿童期杏仁核过度活跃可能与焦虑倾向相关，老年期功能变化影响痴呆症认知衰退。