对于三个月大宝宝拉肚子，治疗需根据原因，常见原因包括腹部受凉、饮食不当、消化道疾病等。建议的治疗药物有：

三个月大宝宝腹泻时腹部受凉可考虑肠道黏膜保护剂需遵医嘱，饮食不当若乳糖不耐受可能用乳糖酶制剂需专业评估，消化道疾病细菌感染可能用抗生素但要医生据病情等判断且优先非药物干预，非药物干预为首要且医疗干预需儿科医生专业评估指导。

一、腹部受凉引发腹泻时可能涉及的药物

若因腹部受凉导致三个月大宝宝腹泻，可考虑使用肠道黏膜保护剂，如蒙脱石散，其能吸附肠道内的有害菌与毒素，对保护肠道黏膜有一定作用，但需在医生指导下谨慎使用，因三个月宝宝肝肾功能发育尚未完善，用药需严格把控。

二、饮食不当引发腹泻时可能涉及的药物

若为饮食不当所致，如存在乳糖不耐受情况，可能会用到乳糖酶制剂，它能帮助分解乳糖，缓解因乳糖不耐受引起的腹泻，但同样要在专业医生评估后选用，确保符合宝宝的健康状况。

三、消化道疾病引发腹泻时可能涉及的药物

若是消化道疾病，比如细菌感染引起的腹泻，可能会用到抗生素，像头孢克肟等，但此类药物必须由医生根据宝宝的具体病情、便常规等检查结果来判断是否使用，因为三个月宝宝自身免疫力及对药物的代谢能力特殊，使用抗生素需极其谨慎，且优先考虑非药物干预措施，如调整喂养方式（确保喂养卫生、合理喂养量等）、加强腹部保暖等非药物手段来缓解腹泻状况，最大程度保障宝宝用药安全与健康。同时需温馨提示，三个月大宝宝身体各器官功能尚不成熟，用药风险相对较高，非药物干预应作为首要尝试，如通过调整室内温度、给宝宝腹部加盖合适衣物来做好腹部保暖，调整喂奶的频率与量等，一切医疗干预都需在儿科医生的专业评估与指导下进行，以保障宝宝得到科学、安全的处理。